In den folgenden Jahren wurde sie zunehmend durch die Kriegsereignisse beeinträchtigt. Ein durch Einberufungen zum Wehrdienst geschrumpftes Kollegium von 9 Lehrerinnen und Lehrern, unter der Leitung von Oberlehrer Karl Herrmann, musste mit seinen Schülerinnen und Schülern vielerlei Probleme und Belastungen ertragen: Auslagerung von Klassen nach Böckingen wegen fehlender Luftschutzeinrichtungen, Ernteeinsätze auf umliegenden Bauernhöfen (im Juli 1942 ernteten die Klassen 5 bis 7 10872 kg Erbsen auf dem Hipfelhof). 1944 kam es zur Beurlaubung der 8. Klasse und vorzeitiger Einweisung in Lehrstellen, schließlich durch Bombenangriffe zu Unterrichtskürzungen. Beim Einmarsch der Alliierten 1945 wurde das so genannte „neue“ Schulhaus zerstört.

Die Nachkriegsjahre brachten neue Sorgen auch für die Schule: Kohleknappheit bescherte zusätzliche Ferien und damit Unterrichtsausfall. Die Schülerzahlen stiegen durch den Zuzug von Flüchtlingen; Schulräume fehlten. Unter Rektor Wilhelm Wurster, der 1946 die Schulleitung übernommen hatte, wurde auch im Rathaus und im ev. Gemeindehaus unterrichtet.

Im Januar fasste der Heilbronner Gemeinderat den Beschluss, eine neue Schule für 1,6 Mill. DM zu bauen. Dies versprach eine deutliche Verbesserung der Situation. Am 22. Oktober 1956 übergab der Architekt Wilhelm Hagner den von Schülern gefertigten „goldenen Schlüssel“ an Oberbürgermeister Paul Meyle. Der ehemalige Neckargartacher Bürgermeister Jakob Haspel begrüßte das verspätete „Versöhnungsgeschenk des Bräutigams Heilbronn an die Braut Neckargartach“.